Dall'11 gennaio 2002, il governo degli Stati Uniti ha aperto un campo di prigionia all'interno della base. Vi sarebbero detenute, secondo stime non ufficiali, oltre 500 persone che il governo americano riterrebbe collegate ad attività terroristiche. Solo per 10 di queste è stato formalizzato un capo d'imputazione con conseguente rinvio a giudizio.

Circa le modalità di funzionamento della parte carceraria della base, si sono levate polemiche circa le condizioni di reclusione e l'effettivo statusgiuridico-fattuale dei reclusi. Da parte di alcuni osservatori si sostiene infatti che i reclusi non sarebbero classificati dal governo USA come prigionieri di guerra, né come imputati di reati ordinari (il che potrebbe garantire loro processi e garanzie ordinarie), ma sarebbero invece ristretti come detainees (detenuti) senza dichiarato titolo.

Il dipartimento della Difesa degli Stati Uniti ha diffuso alcune fotografie dei detenuti nella base militare. L'ex segretario alla Difesa Donald Rumsfeld ha dichiarato che questi prigionieri sarebbero "combattenti irregolari" cui non si applica "alcuno dei diritti della Convenzione di Ginevra". Essi "non saranno considerati come prigionieri di guerra, perché non lo sono", ha precisato.

L'Alto Commissario per i Diritti dell'Uomo dell'ONU, Mary Robinson, ha protestato contro l'atteggiamento degli Stati Uniti. L'ex-presidente della Repubblica d'Irlandaha insistito sugli "obblighi internazionali, che vanno rispettati". Rispondendo il 21 gennaioalle critiche mosse da altri paesi (alcuni dei quali alleati) contro il trattamento inflitto ai prigionieri, Rumsfeld ha infine affermato che esso sarebbe conforme "nelle parti essenziali" alla Convenzione di Ginevra.

Il 29 giugno 2006, in occasione dell'appello di un detenuto, Salim Ahmed Hamdan, una sentenza della Corte Suprema degli Stati Uniti ha stabilito la violazione della Convenzione di Ginevra e il Codice di Giustizia Militare statunitense dovuta:

• alle modalità di detenzione dei prigionieri all'interno della base di Guantanamo ed
• ai tribunali militari speciali istituiti per giudicarne i detenuti.

La legislazione approvata a dicembre 2005 (legge sul trattamento dei detenuti del 2005) ha revocato il diritto dei detenuti di Guantánamo di presentare istanze di habeas corpuspresso corti federali statunitensi contro la loro detenzione o trattamento, permettendo soltanto limitati appelli contro le decisioni dei Tribunali di revisione dello status di "combattente" e delle commissioni militari. È così stato messo in discussione il futuro di circa 200 casi in corso in cui i detenuti avevano presentato ricorso contro la loro detenzione in seguito a una sentenza della Corte Suprema degli Stati Uniti del 2004 che aveva decretato il loro diritto a presentare tali ricorsi.

Amnesty International, nel Rapporto 2006 riporta che:

• I Tribunali di revisione dello status di combattente (CSRT) istituiti dal governo nel 2004, hanno reso noto, nel marzo 2004, che il 93% dei 554 detenuti esaminati erano da considerarsi a tutti gli effetti “combattenti nemici”. I detenuti non avevano un rappresentante legale e molti di loro hanno rinunciato a partecipare alle udienze dei CSRT, che potevano avvalersi di prove segrete e di testimonianze estorte sotto tortura.
• nell'agosto 2005, un imprecisato numero di reclusi ha ripreso lo sciopero della fame già iniziato a giugno per protestare contro la perdurante mancanza di accesso a una corte indipendente e contro le dure condizioni di detenzione, che sarebbero state caratterizzate anche da violenze e pestaggi. Più di 200 detenuti (cifra contestata dal Dipartimento della Difesa) avrebbero partecipato almeno a una fase della protesta. Diversi detenuti hanno denunciato di essere stati vittime di aggressioni fisiche e verbali e venivano alimentati a forza: alcuni hanno riportato lesioni causate dall'inserimento brutale di cannule e tubi nel naso. Il governo ha negato qualsiasi maltrattamento. A fine anno lo sciopero della fame era ancora in corso.
• a novembre 2005 tre esperti in diritti umani delle Nazioni Unitehanno declinato l'offerta di visitare la base di Guantánamo presentata dal governo degli Stati Uniti, poiché quest’ultimo aveva posto restrizioni contrastanti con quanto normalmente stabilito dagli standard internazionali sulle ispezioni di questo tipo.

Per quanto desti scandalo la prigione, alcuni detenuti sembrano preferirla a quelle dei propri paesi. Due ex-detenuti tunisini hanno chiesto aiuto a Human Rights Watch per le torture ricevute in patria. Un prigioniero algerino ha fatto ricorso alla Corte Suprema degli Stati Uniti invocando il suo diritto a non essere scarcerato, temendo torture nel suo paese d'origine.

Nel dicembre 2008 inizia a essere affrontato il problema della chiusura della base, dopo che il neoeletto presidente Barack Obama intende procederne alla chiusura Il 21 gennaio 2009il Presidente statunitense ha quindi firmato l'ordine di chiusura del carcere, che sarà smantellato entro l'anno. Potete trovare il link dell' intervista su questo link....